io non adotterei una soluzione così drastica, anche se come dici il tuo acquario è allestito da alcuni anni.
L'equilibrio biologico è ciò che tutti noi vogliamo ottenere, te mi pare che l'abbia ottenuto. Se hai dei bei cespugli di cryptocoryne, risentirebbero di certo dello stress causato dall'espianto.
Io invece farei così: pian piano pesca i pesci che hai, e dalli via, finchè non ti rimangono dolo gli avannotti, lasciali crescere e poi dai via anche loro.
Nel frattempo sarebbe saggio integrare il fondo con delle tabs nutrienti
Se proprio non riesci a prenderli (strano, visto che dopo un pò gli appartenenti a questo genere non hanno più paura di niente) togli i cespugli più grossi delle piante a stelo, che sono più rapide a riprendersi.
Non hai una foto dell'acquaio?