[Paolo Piccinelli]

mikuntu, i biocondizionatori legano i metalli pesanti ed il cloro trasformandoli i composti inerti e facendoli in parte precipitare.

L'azione si esplica in pochi minuti, quindi non serve in senso stretto decantare... se lo fai (per una mezz'oretta basta) elimini anche i precipitati, devi solo avere l'accortezza di lasciare un cm d'acqua sul fondo della tanica (si presume che i precipitati rimangano lì).

Buttare l'acqua di fondo tanica è sempre buona norma.

Comunque non credo che le patologie dei tuoi pesci dipendano da quello... per me o hai una carica batterica molto elevata in vasca (materiali filtranti molto vecchi che sarebbe meglio sciacquare con le dovute accortezze) oppure hai condizioni ambientali che rendono più sensibili i pesci.
Per esempio (riporto un passo di goberjack) se tu vai a spasso in mezze maniche con 10 gradi non muori subito, ma alla lunga ti ammali... prova a verificare temperatura, durezza, alimentazione dei piccoli e vedi se individui delle possibili cause.

So che tu sei estremamente meticolosa, ma magari qualcosa ti sfugge... a me per esempio in passato è capitato di avere dei decessi per il fatto che, paradossalmente, avevo un filtraggio biologico sovradimensionato e quindi troppi batteri in acqua (vedi topic "misurazione della carica batterica" in chimica)