se l'acquario è attivo da solo una settimana e quindi senza pesci, potresti provare a "rifarlo" togliendo provvisoriamente l'acqua e il filtro in un paio di secchi e riorganizzando bene il terreno. Altrimenti facendo come indichi, penso che alla lunga potrebbe succedere che i vari strati si mescolino tra loro
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