Allora secondo me dovresti dirci innanzitutto con cosa hai diviso l'acquario...magari allegando una foto...
per utilizzare un solo filtro e un solo riscaldatore dovresti utilizzare una barra di quelle che ti fanno il getto a pioggia in modo che ti mette acqua pulita e ossigenata in ogni stanza...per il termostato basta metterlo in una...tanto poi il calore si propaga....
però la condizione per tutto cio è che ogni camera abbia uno scambio d'acqua...nel senso non devono essere chiuse con il vetro, ma deve esserci almeno qualche foro o retina che ti permette il passaggio dell'acqua verso in del filtro!!
