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ho un po' paura che tu abbia danneggiato la membrana.
speriamo di no..

non c'erano le istruzioni nella confezione?

dovevi fare scorrere per il prefiltro a carbani alcuni litri d'acqua prima di collegarlo alla membrana, per evitare di rovinarla/intasarla con particelle di carbone.. cosa che evidentemente non hai fatto, se esce acqua nera.

dato che non hai detto di che impianto stai parlando e' difficile capire a che cosa ti riferisca con tubo rosso, in alto, in basso...
..ma sono quasi sicuro che sulle istruzioni ci sia scritto chiaramente qual'e' l'uscita di che cosa.. e immaginando che ci sia una foto sulla scatola dovresti riuscire a verificare se i colori dei tubi sono nel posto corretto (nel mio impianto, ad esempio, sono entrambi trasparenti).
se non ci sono immagini per fartelo capire.. beh.. il tubo con portata maggiore e' lo scarto (supponendo che tu abbia montato la membrana nel modo corretto).