Al limite potresti usare dei morsetti da falegname, interponendo tra il vetro e il morsetto (e anche tra sfondo e morsetto,se no schiacci lo sfondo

)del materiale morbido che faccia da tampone,tipo un bel pezzo spesso di polistirolo (meglio il polistirene,che mantiene più la forma), se no spacchi il vetro

.....
Comunque la soluzione migliore resta sempre svuotare tutto (anche perchè se c'è il substrato,come fai a dare il silicone dove lo sfondo incontra il vetro inferiore?

)