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Hai dato poche informazioni...comunque...
se la tua intenzione e quella di svuotare tutto per riallestire l'acquario sarebbe opportuno che il filtro non rimanga senz'acqua.
Io farei (..e ho fatto più volte) così:
1)toglierei i secchio D'acqua
2)toglierei il filtro(penso interno attaccato con ventose e lo metterei nel secchio), nel secchio butterei anche i due Corydoras
3)a questo punto svuoterei completamente acquario... fare itutte le modifiche...
4)Riempirei l'acquario, rimetterei i Corydoras,il filtro e riattaccherei il tutto.
L'acquario non deve rimaturare perchè i batteri sono nel filtro(per la grande parte) e non muoino così rapidamente (ovviamente non ci mettere una giornata a far le modifiche), se poi devi mettere altri pesci magari aspetta qualchè giorno per sicurezza.
Spero di esserti stato utile!
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