Per eliminare l'opzione anossia del fondo (uova marce) potresti provare ad infilare uno stecco (spiedino di legno per esempio) nel fondo smuovendo delicatamente ogni 2-3 cm.
Se vedi salire molte bolle e senti puzza, il problema sta lì.
Se l'odore è invece pungente e di muffa, io penserei a ciano sempre nel fondo... puoi dare una mano a risolvere inserendo alcune lumache a cono del genere melanoides.
Le lumache smuovono delicatamente e continuamente il fondo e non le vedi mai... se invece le vedi è segnale che nel fondo non c'è ossigeno e, a quel punto, intervieni.
Una sostituzione/pulizia della lana di perlon è da fare anche secondo me, per ridurre le variabili il più possibile.
