LE ROCCE VIVE possono essere schematizzate come un filtro biologico che possieda un gradiente di ossigenazione decrescente dall'esterno all'interno, in modo tale da assicurare condizioni aerobie in superficie e condizioni anaerobie in profondità. Sulla superficie verranno quindi ad insediarsi colonie di batteri aerobi che svolgeranno la loro funzione nitrificante, trasformando l'ammoniaca in nitriti e i nitriti in nitrati e consumando ossigeno.
Tali batteri contribuiscono così all'impoverimento di ossigeno all'interno della struttura dei pori, dove si creano le condizioni anaerobie necessario per lo sviluppo dei batteri che metabolizzano il materiale organico utilizzando i nitrati come fonte di ossigeno e trasformandoli così in azoto gassoso. La stretta prossimità tra la zona aerobia, dove i nitrati vengono pro- dotti, e la zona anaerobia, dove essi vengono eliminati, favorisce il buon andamento del processo globale che va sotto il nome di ciclo dell'azoto. Esistono inoltre ceppi di batteri chiamati "anaerobi facoltativi" che possono provvedere ai processi di denitrificazione (esattamente come i batteri anaerobi) in presenza di concentrazioni di ossigeno relativamente basse. Essi occupano quindi quelle ampie zone di passaggio dalle condizioni decisamente aerobie a quelle anaerobie e la loro attività denitrificante è di fondamentale importanza nell'equilibrio del sistema.
La ricchezza di flora batterica differenziata e le condizioni di concentrazione di ossigeno estremamente differenti sulla superficie e all'interno dei pori delle rocce vive permettono quindi, almeno in linea di principio, lo sviluppo di un completo sistema di trasformazione dei composti azotati organici in azoto gassoso: il sogno di ogni acquariofilo, di chiudere il ciclo dell'azoto, è così realizzato.
