dipende.
nel filtro hai anche canolicchi per la proliferazione batterica? se si il problema non si pone se no procedi così
quando fai il cambio d'acqua parziale conserva l'acqua che togli in un secchio, nel secchio metti le spugne del filtro e strizzale bene (essendo acqua dell'acquario i batteri non ne risentiranno molto)
rimonta il filtro, butta via l'acqua sporca, completa il cambio dell'acqua e fai ripartire il tutto
