Anche con due vasche uguali e con due pompe uguali avresti problemi. I dati delle pompe sono nominali, e quindi prevedono un certo scostamento. In pratica due pompe perfettamente identiche non esistono.
Quello che intendeva
Burner, è che se metti una vasca più in alto rispetto all'altra e la riempi fino a farla tracimare l'acqua (opportunamente convogliata) finisce nella vasca più bassa.
Per la CO2 potrebbe non essere un problema se eviti l'effetto cascate del Niagara
Secondo me due filtri distinti resta un ottima soluzione, come ti dicevo nel primo messaggio mantenendo le vasche separate eviti il propagarsi di malattie e almeno una vasca ti resta sicuramente sana.