[Federico Sibona]

Se ho capito bene, credo che Cristian1974 abbia fondamentalmente ragione. Un filtro esterno funziona correttamente perchè tanta acqua toglie dalla vasca tanta ne reimmette. Nel tuo caso, come fai a dire al filtro quanta acqua deve mandare in una vasca e quanta nell'altra? Altra cosa sarebbe se dividessi il filtro a metà, di fatto facendo due filtri indipendenti, ciascuno con la sua pompa ed i suoi materiali filtranti, ma non credo che il gioco valga la candela, è sicuramente meglio fare due filtri.
Altra possibilità è fare un filtro unico, ma aperto, non ermetico, alto come la vasca. A quel punto il principio dei vasi comunicanti equalizzerà i flussi mantenendo uguali i livelli in vasca 1, vasca 2 e filtro, ma, a parte il fatto che l'altezza di vasche e filtro dovrebbe essere la stessa, si potrebbero comunque avere scompensi di qualità di filtraggio tra le due vasche.