Succede che il terreno a contatto con l'acqua non solo te la rende sporca, ma disperde i nutrienti che diventano così facilmente disponibili per le alghe...
quindi è bene rimuovere quello in superficie, magari aiutandoti con un sifone dopo che avrai introdotto un po' di acqua...
Le piante che sono classicamente presenti agli inizi:
anubias
cryptocorine
micorsorum
piante a crescita veloce con basse richieste di luce...
visita a tal proposito:
http://www.naturacquario.net/piante-luce.htm
ciao