alessandros82, per i legni, o li fai bollire (non è detto che risolvi) o rilasceranno ancora per parecchio tempo (comunque ai pesci piace l'acqua ambrata).
Per il resto, io penserei seriamente a razionalizzare la popolazione togliendo il betta ed i botia ed aggiungendo ancora 2-3 corydoras... i valori corretti per i guppy e i portaspada sono ph basico ( 7 - 7.5) e durezza abbastanza elevata... praticamente l'acqua di rubinetto va quasi sempre benone.
I cory (se sono aeneus o paleatus) si adattano bene a questi valori.
Per le pinne corrose, probabilmente è il betta e in caso non lo fosse, il baktopur risolve; probabilmente si ammalano perchè sono tenuti in condizioni non idonee a loro.. provvedi
Per le piante, vista la poca luce che hai, ceratophyllum demersum ancorato al fondo (non ha radici) oppure vallisneria... in tal caso dovrai mettere ancora un pò di ghiaia.