I fanghi č impossibile che si formano nella parte superiore,in quanto sono soggetti alla gravitā,quindi si formeranno sempre nella parte inferiore(che guarda caso č quella a flusso lento) per effetto della precipitazione.Poi come dici tu nella parte superiore ce un flusso d'acqua veloce quindi la sedimentazione non si verifica.Ma nelle spugne trovi flocculato batterico(melmetta densa) quindi...... 
 
Poi č ovvio che la flora batterica č in ogni dove.