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Usando il filtro biologico si accumula una grande quantità di nitrati nell'acqua anche utilizzando il metodo berlinese, per questo motivo è sconsigliato in un acquario dedicato ai coralli.
Se invece la vasca è destinata solo ai pesci il discorso cambia, perché questi hanno una soglia di sopportazione dei nitrati molto più alta dei coralli, quindi il biologico ci può anche stare.
Le rocce vive ben mature raggiungono un equilibrio batterico che permette di portare a termine il ciclo dell'azoto, ma se questo equilibrio viene scompensato da una continua introduzione di nitrati da parte del filtro biologico, il sistema non funzionerà mai bene e l'unico risultato che si otterrà è un continuo aumento della concentrazione dei nitrati.
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