per vedere se le rocce sono calcaree basta che ci metti un pò di anticalcare sopra, per togliere il ghiaiano devi così come hai detto mettere i pesci da un'altra parte, anche se tenerli in un acquario nuovo allestito per un mese mi sembra un pò troppo devi aspettare il parere di qualcuno più esperto
Se per le bolle ti riferisci alla CO2 credo che in questo momento non sia un problema da risolvere subito...