Con il denitratore, soprattutto se fatto in casa rischi di fare casini. Se c'è qualche malfunzionamento nel denitratore può succedere che:
-Si sviluppi anedride solforosa e conseguentemente acido solforico
(questo accade facilmente con quelli autocostruiti)
-In casi rari può succedere che i batteri del denitratore ti tolgano gli NO3 ma li trasformano in NO2
Per evitare che avvenga questo, spesso si usa una sonda Redox che costa molto.