Detto così senza sapere bene cosa hai in vasca e cosa vorresti mettere non è molto semplice dare un giudizio....
Considerando che l'acquario è ben piantumato e sarebbe un bel casino rifarlo completamente potresti, se hai il dubbio su una soluzione così radicale, aspirare e pulire bene il fondo ed integrare la fertilizzazione del fondo utilizzando le apposite pastiglie o stick che trovi in commercio.....
Tra parentesi, quanto è alto il fondo ?