I pesci si ammalano anche quando le condizioni ambientali sono negative. Normalmente un pesce sano e in un ambiente ottimale è in grado di resistere ai parassiti, quindi nel tuo caso potrebbe essere che i guppy siano stati colpiti da qualche batteriosi aiutati dal fatto che l'acqua non era buona. Comunque stai certo che, se i nitriti non sono a zero, la causa principale è questa.
Ti consiglio di leggere questa pagina se vuoi saperne di più sull'intossicazione da nitriti
http://www.walterperis.it/consigli_vecchi/nitriti.htm
Probabilmente qualche altro pesce morirà, ma togliendoli dall'acquario hai la possibilità di salvarne qualcuno.
Se puoi metti gli avannotti in una vaschetta a parte, così hanno più spazio a disposizione, senza venire predati.
I nitriti dovranno essere a zero, quando lo saranno farai un cambi d'acqua per abbassare i nitrAti
e poi metterai i pesci.