1) i legni falli bollire per qualche minuto prima di inserirli. se ti coloreranno molto l'acqua, puoi mettere il carbone attivo, non ti risolve del tutto ma un po' migliora. con gli svantaggi del carbone attivo di ciucciarsi anche eventuali sostanze utili (se il colore non è eccessivo meglio sopportarlo.... anche xchè non è dannoso, anzi!). puoi anche lasciare i legni qualchegg a bagno che perdano colore in modo da ridurre il fenomeno in vasca.
2) la domanda posta così non ha senso. ogni pianta ha le sue esigenze di luce, a prescindere che sia lunga o corta. tu hai 90 lt, 80 netti, quindi devi fare 18w/80=0,25; è pochissimo, ti consiglio di aggiungere un watt oppure provare con anubias, microsorum come piante da centro e primo piano, a crescita lenta, ceratophillum ancorato al fondo come pianta alta, a crescita veloce. di anubisa ne trovi diverse varietà. sul numero, beh, dipende dalle dimensioni della pianta... comunque verifica qui quali piante vanno col tuo rapporto w/l
http://www.naturacquario.net/piante-luce.htm
3) non l'ho capita: la pompa esce al livello del fondo? meglio che ti risponda qualcuno che ha quel filtro...