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La membrana di osmosi inversa ha una porosità estremamente ridotta, tanto che riesce a fermare in modo significativo anche gli ioni disciolti come sodio, potassio, calcio, magnesio, cloruri, solfati, nitrati, ecc. A maggior ragione pertanto è in grado di fermare delle macromolecole complesse come possono essere virus e batteri. Quindi dal punto di vista microbiologico il permeato appena attraversata la membrana è sicuramente sterile. Un eventuale inquinamento da batteri del permeato può essere causato solo o dalla rottura della membrana e quindi dal passaggio di batteri tra il permeato e il concentrato, ma in questo caso risulterebbero completamente sfalsati i valori di salinità del permeato, oppure dall'inquinamento microbiologica della linea di scarico dell'acqua osmotizzata.
Diverso è il discorso per quanto riguarda il concentrato nel quale, nonostante le nostre acque di rete siano pesantemente clorate, non si può escludere la presenza di agenti patogeni. Nel caso di prolungata inattività dell'impianto i batteri presenti possono arrivare a colonozzare la superficie della membrana provocandone una parziale occlusione e una notevole diminuzione a parità di condizioni della quantità di permeato prodotta dall'impianto.
Posto quanto sopra a mio parere se la fermata dell'impianto non è prolungata nel tempo (< di 1 settimana) dovrebbe essere sufficiente scartare i primissimi minuti di produzione per assicurarsi di avere completamente flussato la tubazione del permeato e di avere spostato tutta l'acqua presente nel vessel (contenitore della membrana). Se la fermata è dell'impianto è oltremodo prolungata (> 2 settimane), al di là che sarebbe consigliabile provvedere alla conservazione della membrana con prodotti specifici (consigliati soluzioni di metabisolfito di sodio e glicerina), l'impianto dovrebbe essere flussato per almeno 10 minuti durante i quali conviene scartare anche il permeato prodotto. Il flussaggio dell'impianto si ottiene rimuovendo o bypassando il riduttore di flusso che si trova sulla tubazione del permeato evitando così di pressurizzare l'impianto e aumentando la velocità di passaggio dell'acqua sulla superficie della membrana per sfruttarne l'azione cinetica di pulizia. Durante il flussaggio la produzione di permeato dovrebbe essere estremamente ridotta in quanto viene a mancare la pressione sul lato concentrato.
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