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Ti conviene fare il trattamento in un contenitore più capiente perché più diminuisci l'acqua e più è facile sbagliare i dosaggi, io starei su bacinelle almeno da 1 - 2 litri. Il problema di base più frequente è la provenienza dei pesci è abbastanza difficile trovare guppy sani, forti e privi di parassiti. Se si grattano è facile che ci sia una infestazione in corso le feci filamentose possono essere un effetto secondario e causato da flagellati che colpiscono spesso pesci debilitati o non in gran forma. Intanto prova a fare i bagni con il sale, poi riesci a fare qualche fotografia dei pesci che hai in acquario così da poter valutare le loro condizioni di salute? Penso non risolverai con il sale ma puoi fare il tentativo.
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