Per un pozzetto a tracimazione è la cosa migliore.
In questo progetto, tuttavia, non ho capito cosa se ne fa di un tracimatore (se non per ragioni di sicurezza).
Per il cambio:
1) sifona tot litri (oppure apre una derivazione a T sulla mandata in vasca del filtro esterno e toglie tot litri),
2) rimette tot litri in vasca dalla vasca di stabulazione.
e il cambio è fatto...
Il tutto può utilizzare delle tubazioni fisse oppure dei tubi in gomma applicabili alla bisogna.
Per monitorare (e/o automatizzare il tutto) bastano dei sensori di livello (galleggianti o a ultrasuoni, minuscoli, tipo questi:
https://cdn.sparkfun.com/datasheets/...ity/HCSR04.pdf)