[ilVanni]

Quanti sono adesso i pesci colpiti?
Se ce ne sono alcuni in fase iniziale proverei a separarli (in vaschetta) e provare se una cura (ambramicina oppure antibiotico) da dei miglioramenti (non deve salvarli, devono solo "migliorare").
Già questo ti darebbe più "giustificazione" per trattare la vasca intera.

Altra opzione, se vuoi trattare tutti in forma preventiva (ma mantengo i miei dubbi sulla possibile diagnosi) è trattarli a parte lasciando la vasca vuota e "in quarantena" perché i patogeni muoiano (non c'è ragione per cui sopravvivano ai loro ospiti).

L'alternativa è quella che dici tu: un filtro "di riserva" da inserire post cura.

Quello che non capisco sono i sintomi: li vedi "gonfi" dall'oggi al domani o c'è altro? (inappetenza, ecc.)