È importante sostituire, o lavare con frequenza, i materiali adibiti al filtraggio meccanico, in quanto se lo facciamo dopo molto tempo, diventano anch'essi supporto per i batteri e quando andremo a pulirli toglieremo buona parte della flora presente nel filtro.
Per questo motivo diversi acquariofili utilizzano un prefiltro adibito unicamente al filtraggio meccanico, che puliscono spesso, per non toccare il filtro principale, utilizzato unicamente come supporto biologico.
In questo, i vecchi filtri interni a scomparti, erano più pratici, in quanto non si doveva aprire nulla, si prelevava la lana di perlon, si sostituiva e via, con frequenza anche settimanale.
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