Dalla foto sembrerebbe idropisia (oltre al gonfiore noto delle squame alzate sul basso ventre) e potrebbe derivare da diverse cause, però non ti posso dare certezza dato che non sono un esperto e mi baso solo su ciò che ho letto, qualcun'altro potrà darti sicuramente una spiegazione migliore della mia.
L'hemigraphis colorata non è una pianta da acquario ma bensì da paludario, dovrebbe avere solo le radici in acqua e crescere emersa, se la tieni sommersa ben presto inizierà a marcire, aumentando anche il carico organico che sarà già elevato con 3 carassi in 40 lt.
Come ti è già stato detto il problema principale è il poco spazio. La soluzione sarebbe portare indietro i carassi e se hai voglia, pazienza e tempo dovresti ripartire da zero progettando qualcosa di totalmente diverso. :(