Avendo quindi appurato che i pesci eliminano nell'acqua parecchia NH3, questa diviene tossica già a bassa concentrazione 0.08 mg/l e letale da concentrazioni da 0.5 mg/l in su. Per eliminarla incoraggiamo la proliferazione (soprattutto nel filtro ma anche su tutte le superfici della vasca) di batteri che per campare anziché bruciare, cioè ossidare, il carbonio invece ossidano l'azoto. Innanzitutto batteri tipo nitrosomonas ossidano l'ammoniaca a nitriti (che sono comunque parecchio tossici) poi altri batteri tipo nitrospira sfruttano questi ossidandoli nitrati che sono molto meno tossici. Nell'acquario questi possono in parte essere assorbiti dalle piante, per la cui crescita sino essenziali assieme a luce e CO2. Se i nitrati salgono oltre 25 mg/l è bene eliminarli in altro modo, a questo servono i cambi d'acqua parziali
