Mi dispiace, io toglierei tutto, sposterei la fauna, laverei tutto, sistemerei attrezzatura e cose varie, poi lascerei girare il filtro almeno 1 o 2 settimane e rimetterei la fauna, come se l'acquario lo avviassi ora (ma aspettando meno perché non credo che il filtro abbia subito danni ed è già maturo..), perché direi che è un bel danno. Nel frattempo li metti in una vasca con un'areatore, le piante lavale ma puoi lasciarle lì. Magari metti una piantina dove stanno loro.
Dopodiché prenderei altri guppy, ma quella è una scelta tua
