Ciao Dario,
effettivamente il pH a 6 è davvero basso (forse questo spiega il pearling a due ore dall'accensione delle luci) e la totale assenza di NO3, senza considerare lo sviluppo delle piante.
Secondo me non serve l'aeratore, ridurrei semplicemente la CO2 per avere un pH di 6,7 - 6,8.
Per quanto riguarda il carico del filtro, non vorrei dire una sciocchezza ma, a colonizzazione avvenuta del filtro, un certo carico dovrebbe essere garantito. Non so se un pizzico di mangime, una volta alla settimana sia sufficìcente.
Prova a dare un'occhiata alla discussione del link sottoriportato.
http://www.acquariofilia.biz/showthread.php?t=492601.
In ogni caso, a parte la riduzione della CO2, proverei vedere come evolve la situazione ancora per qualche giorno. Se la situazione non migliorasse, prenderei in considerazione l'aggiunta una tantum di un attivatore batterico.
In gamba