Ad occhio non posso dirti se le rocce sono calcaree.. Dovresti testare il gh dell'acqua di rubinetto, se è uguale a quello in vasca non c'è problema, se invece è molto meno allora togli le rocce..
Devi sifonare il fondo ma senza andare a smuoverlo troppo
Riguardo ai batteri attieniti alle istruzioni che ci sono sulla scatola..
Le accortezze del caso per i cambi d'acqua intendo di usare acqua lasciata decantare almeno 24h, di temperatura il più possibile vicina a quella in vasca e di riempire la vasca lentamente per non creare bruschi sbalzi.. Questi accorgimenti li dovresti adottare sempre, indipendentemente dalla situazione che hai ora..
Riguardo alla popolazione hai specie che non sono compatibili tra loro, ne con i valori che hai ora..
Ma prima risolvi il problema della maturazione e testa GH, PH, KH della tua acqua di rubinetto...