Ciao, in queste situazioni solitamente dicono che cambi parziali ravvicinati sono utili, sempre con acqua decantata almeno 24 ore e biocondizionata. Magari diminuisci il mangime somministrato così hai meno carico organico in acqua.
Per quanto riguarda le colonie batteriche sono sicuramente andate perdute, perchè in acqua ferma l'autonomia è al massimo di poche ore, non giorni.
Per la guarnizione del Pratiko ho letto che alcuni consigliano di "inumidirla" con un po' di grasso affinchè non si secchi nel tempo (quella nuova che prenderai ovviamente).
Questo è quello che posso consigliarti io, ma attendiamo il parere di qualcuno più esperto di me.
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P.s. credo che in ogni caso il filtro vada lasciato maturare di nuovo sia ripulito che non.