Il funzionamento dello schiumatoio riproduce un effetto che avviene anche in natura, quello delle onde che si infrangono sulla spiaggia e che portano con se mediante la schiuma le sostanze organiche disciolte nell'acqua.
Lo schiumatoio riproduce questo semplice principio, la produzione di microbollicine immesse miscelate insieme all' acqua in una colonna di contatto. Alle bollicine aderiscono le molecole organiche derivate dagli escrementi dei pesci che vengono depositate in apposito contenitore ( il bicchiere ).
In questo modo le molecole organiche vengono estratte fisicamente dall'acqua e non viene consentito loro di trasformarsi in Nitrati e Fosfati.
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