Aspetterei qualche parere più esperto perchè non conosco questo filtro, ma forse potresti togliere una delle spugne e riempire quello scomparto con cannolicchi, comunque eccoti un link che spiega chiaramente cosa fare quando si ha un'esplosione batterica --->
http://www.acquariofilia.biz/showthread.php?t=158228
PS. Hai fatto bene a lavare le spugne nell'acqua dell'acquario