E' solo nell'estetica.
Di solito si selezionano le caridine in base a caratteristiche, di colore soprattutto, che si vogliono far tramandare alle figlie, in modo da fissare il gene,per esempio se hai red cherry, le fai riprodurre e dalle nasciture selezioni le più rosse e con il colore più compatto, e continui con le figlie a fare la stessa selezione, a lungo andare riuscirai a ricavare le sakura, che hanno un rosso compatto e omogeneo.
Normalmente più il gene,nel tuo caso il colore marrone, è fissato meno scarti escono dalle riproduzioni.
In definitiva dipende da cosa vuoi fare tu.
Se prendi le choccolate selezionate figlieranno per la maggior parte choccolate come i genitori,compatte e omogenee nel colore, con una percentuale di scarto abbastanza bassa(dipende poi dalla genetica del ceppo e da quanto sono state selezionate)
Se prendi gli scarti molto probabilmente nasceranno per la maggior parte scarti con qualche esemplare invece "buono" con il colore omogeneo come quelle selezionate.
Se prendi gli scarti e vuoi avere le choccolate selezionate devi prendere quelle più belle da quelle che nasceranno e farle riprodurre tra loro per fissare ulteriormente il colore e avere le choccolate pure.
Se non ti interessa fare selezione o avere caridine con una buona genetica prendi gli scarti.
Spero di essermi espresso in maniera comprensibile
