La tua idea non è malaccio se solo no fosse che quando cambi il fondo dovresti staccare le due vasche per evitare il rilascio degli azotati da parte del fondo nuovo e ci potrebbero essere sbalzi...
Comunque un altra tecnica è quella di mettere un altro strato di fondo sopra quello che già c'è senza smantellare il tutto ma naturalmente dovrai stare attento al rilascio...
Se vuoi far scaricare dagli azotati il fondo tramite un secchio mi raccomando usa solo acqua d'osmosi altrimenti lo saturi...