Di spugne ce ne sono specifiche per l'acquario poichè non dovrebbero rilasciare sostanze dannose per i pesci, ad esempio questa -->
http://acquariomania.net/spugna-cm10...sa-p-1633.html
Purtroppo con gli acquari chiusi non è semplice abbassare la temperatura, puoi tenere il coperchio aperto così il calore del neon si disperde e non resta "intrappolato" scaldando troppo l'acqua, comunque non fare questi sbalzi di temperatura, rischieresti di far ammalare i pesci.
Per le anubias dovresti estrarre il rizoma dal fondo, ovvero la "radice carnosa" e spessa da cui partono le foglie o potrebbe marcire tutta la pianta.
Un fondo più fine sarebbe meglio, ci sono moltissime possibilità, se vuoi avere piante abbastanza esigenti che assorbono nutrimento dalle radici puoi inserire del fondo fertile sotto alla ghiaia/sabbia, oppure c'è anche una soluzione un po' più economica, ovvero inserire come fondo della sabbia edile silicea (magari no troppo fine, altrimenti si compatta troppo), che si acquista nei negozi di materiale edile e costa meno dei fondi che si comprano nei negozi d'acquari.
La lemna dovrebbe riprendersi, poichè è particolarmente resistente ;)