Dalla foto sembra che il problema è contenuto alle sole foglie più vecchie (che magari erano presenti fin dall'inserimento delle piantine in vasca).
Le foglie più giovani possono assumere una colorazione ramata...intendi questo con "alcune foglie stanno diventando scure"?O forse ti riferisci a qualche alga (vedi diatomee)?

Con "pallini gialli" intendi delle zone necrotiche sulla lamina fogliare?
Comunque la pianta mi sembra in salute...