lo so che sai contare... ma è proprio il fatto di avere tre strati che convince poco..

ti si mischiano col tempo e ti viene una ciofeca, poi vedi tu

resta una soluzione a mio avviso non ottimale
quindi l'unica è togliere un po' di ghiaino come puoi e poi rimpiazzarlo con della sabbia. brutto lavoro comunque, perchè devi stare con le mani in vasca parecchio, alzare un polverone, stressare i pesci etc. sti lavori vanno fatti senza pesci dentro (per il loro bene)
per la sifonatura, semplicemente non si sifona (non è obbligatorio, dipende dai casi) oppure si fa una sifonatura molto leggera.
come fa ad entrare la sabbia nel filtro? ma che filtro hai?
i Corydoras non scavano "buche" nel fondo, al massimo "grufolano" un po' nella sabbia..tutto qua. se hai almeno 3 cm di sabbia, non c'è problema