Gianlupo, il discorso che fai mi pare sensato, ma appunto sottintende una spiegazione che nelle discussioni pubbliche non c'è (come dici tu, si saranno chiariti in privato) e mi pare rimarchi ancora di più la necessità di essere chiari su quello che si fa coi propri pesci.
Fermo restando che, come più volte scritto in questa discussione, prelevare pochi pesci provoca una involontaria selezione "di fatto", mi pare che la differenza nell'ospitare una colonia (ossia un genotipo limitato per forza di cose) e ospitare invece un "line breed" ci sia eccome (se non altro c'è un arbitrio nella scelta di quale fenotipo/i selezionare, cosa che a me personalmente, non essendo per nulla interessato a selezionare, non attira per nulla). Questo al di là della "nomenclatura" NPK, che continua a sembrarmi ridicola (ma naturalmente IMHO).
Di sicuro il concetto di "popolazione" di cui anche tu parli è quello meno sentito in questa discussione (IMHO), e non solo in questa.
Mi fa piacere se invece, come mi dici, è più condiviso e ricercato di quanto (mi) sembrasse. 
Io ho cercato il ceppo che tengo da A. Falco proprio perché era quello dell'articolo di Arbuatti, che verteva proprio sul tentativo (e sottolineo tentativo) di mantenere "così com'è" una colonia di endler in cattività (con risultati positivi, stando all'articolo).
Ovviamente chiunque è consapevole che il ceppo (qualunque ceppo) non è una "fotografia" completa del genotipo presenti nella laguna (anzi, lo è di una piccolissima parte dei pesci che ci vivono, ma di nuovo questo è stato detto e ridetto, sia da me che da altri, in questa e altre decine di discussioni). Comunque, fai benissimo a rimarcarlo: repetita iuvant.