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Ogni volta che aggiungi rocce rischi di innescare nuova maturazione, con tutto quel che ne consegue: picchi di valori strani, esplosioni algali e insomma niente di buono.... ma nemmeno niente di tragico eh. Però ogni volta che crei degli squilibri (e aggiungere rocce, rivedere la disposizione della rocciata, ecc... , crea squilibri) poi devi avere la pazienza di aspettare che il sistema torni in equilibrio e non parliamo di giorni, ma di settimane o più.
Ovviamente, se hai in vasca coralli particolarmente sensibili, rischi di perderli. Se hai in vasca tutti animali robusti, resistono... perderanno un po' di colore e smetteranno di crescere per un po', ma non dovresti avere altri problemi particolari.
In conclusione, io lascerei perdere il filtro esterno e partirei subito con una rocciata fatta bene.