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I residui di cibo, di foglie morte, scarti dei pesci, decomponendosi portano alla formazione di ammoniaca (e altre sostanze). L'ammoniaca è però molto pericolosa per i pesci. Qui intervengono determinati batteri (batteri nitrificatori) che trasformano l'ammoniaca in nitriti (NO2) che sono però ancora pericolosi per i pesci (e pertanto in un acquario funzionante devono essere a 0). Allora dei "batteri nitratatori" mutano i nitriti (NO2) in nitrati (NO3) (aggiungendo un atomo di ossigeno). I nitrati (NO3) sono meno pericolosi per i pesci, pertanto in acquario possono essere tra i 10 e i 50 mg/L (anche se 50 è già un po' altino). Quando avrai il picco di nitriti (NO2), essi saliranno (non tanto, già 1mg/L è pericolossisimo) aspetti ancora qualche giorno e i nitrati si alzeranno un poco.
E colonie batteriche utili all'acquario si saranno allora formate e potrai inserire i pesci.