L'indice di rifrazione dell'acqua è molto influenzabile.... a seconda della torbidità della tua acqua, ma anche della sola temperatura, il valore può variare di molto e quindi anche l'effetto visivo.
L'effetto "illuminazione" che citava Valerio ha un suo senso: nei sistemi reali, l'indice di rifrazione varia con la frequenza dell'onda incidente, quindi con luce ambientale diversa, due acquari identici con acqua "identica" potrebbero dare un effetto ottico diverso.
Potrebbe anche essere una leggera differenza nell'indice di rifrazione del vetro, ma forse, molto più semplicemente, i due vetri hanno tolleranze di spessore leggermente diverse perchè provenienti da partite di produzione diverse. In quel caso, anche solo qualche decimo di mm può portare a colorazioni leggermente diverse anche a parità di indice di rifrazione del vetro (la luce attraversa aria/vetro/acqua)
Infine sarebbe da considerare lo spessore e natura del film biologico che si forma alla superficie interna del vetro che, pur pulitissimo, è sempre un pò "scivoloso": non ho idea di che influenza possa avere, ma credo che non ci siano due acquari con le stesse identiche caratteristiche, una volta riempiti di acqua...
Ciao!
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