Personalmente ho sempre usato il substrato della tetra...anche se non ne sono convintissimo
Io fossi in te sceglierei Dennerle o Ada, ne ho sentito parlar molto bene
Se il substrato e il ghiaietto hanno la stessa granulometria, più o meno, non si dovrebbero mischiare e il substrato non dovrebbe "venire allo scoperto". Se lo ricopri con 3-5 cm di ghiaia non avrai problemi
Ovviamente devi stare attento quanto interri o, peggio, dissotterri le piante