Il carbone attivo solitamente non si utilizza in maniera continuativa all'interno dell'acquario, quindi non dovresti avere problemi di pulizia. Ad ogni modo per approfondire l'argomento ti consiglio di leggere l'articolo di Sago 1985 su AcquaPortal, è chiaro ed esaustivo:
http://www.acquaportal.it/_ARCHIVIO/...one-attivo.asp