Secondo me NON si tratta di flagellati, ma di vermi intestinali.
Farei immediatamente un ciclo di Ascarilen:
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1 ml di Ascarilen (farmacia, è un preparato iniettabile per gatti e cani) ogni 10 litri d'acqua, si fa benissimo in acquario comune. Se hai carbone toglilo. Dopo 6 giorni fai un filtraggio a carbone e un cambio parziale.
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Meglio ripeterlo dopo una decina di giorni. Lo vendono in fiale da 10 ml mi pare, quindi fai i conti.
Se vedi altri pesci colpiti in quel modo, ai primi sintomi, fa' loro anche un trattamento di Droncit:
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Praziquantel (Droncit) bisogna fare un bagno in contenitore separato, di 6 ore. Dose 5 mg. di principio attivo per litro d’acqua. Ripetere dopo 4 giorni. Aerare e tenere sotto controllo.
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In ogni caso, anche se sembrasse tutto risolto, fai l'Ascarilen, assolutamente!