Non so come è fatto l'impianto di illuminazione del tuo acquario. Qualche foto della parte inferiore del coperchio (a luci spente) potrebbe aiutare.
Hai provato se togliendo un neon l'altro si accende? Volendo dimezzare la luce credo che sia il sistema più semplice, se funziona. Sempre se funziona, dovresti però proteggere dall'umidità i contatti interni dei portalampade vuoti.
Altrimenti, come hai detto, potresti mettere neon commerciali di potenza inferiore, ma sarebbe necessario spostare i portalampade e non so quanto sia agevole.
Nel caso tu voglia mettere dei 24W 55cm, consiglierei di metterli sfalsati, ossia lasciare due portalampade, uno a destra ed uno a sinistra, nella posizione originale e spostare gli altri due, cosi avrai una decente copertura su tutta la lunghezza della vasca.
Altra possibilità è quella di mettere dei T5HE (High Efficiency) da 21W lunghi 85cm (come i T5HO 39W). In tal caso lo spostamento dei portalampade sarà minore e la copertura sarà buona
Riguardo al ballast, se metti due tubi da 39W 85cm credo che tu possa tenere quello originale, ma se opterai per dei 24W o dei 21W, temo che lo dovrai cambiare (ma niente impedisce di provare
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