Immagino si tratti di un filtro interno della serie EasyCrystal. E' coretto il tuo dubbio, in quanto ogni volta che cambi la cartuccia porti via tutte le colonie batteriche tranne quelle insediate sul piccolo pezzo di spugna. Il carbone normalmente non serve, ma anche mettendo cannolicchi al posto della cartuccia ti troveresti poi in difficoltà nel fare ad esempio la pulizia della pompa che si trova sotto e che potrebbe sporcarsi facilmente ed intasarsi. Se segui questa strada cerca di racchiudere subito i cannolicchi in una rete a maglia larga in modo da poterli nel caso estrarre senza smuoverli troppo.
Il mio consiglio è comunque quello di cambiare filtro se puoi, scegliendone uno esterno, ad esempio l'Eden 501, o uno interno concepito un pò più razionalmente tipo questi:
http://www.aquariumline.com/catalog/...i-p-14572.html
http://www.aquariumline.com/catalog/...e-p-13472.html