Hai già provato ad aprire la scatola del filtro per correggere la posizione?
Non conosco il modello preciso, ma di solito il cestello può entrare solo nel verso giusto...in caso contrario (se fosse possibile) dovresti aver notato rallentamenti nel flusso dell'acqua della pompa...
Se la pompa girava bene, i batteri si saranno insediati nel filtro comunque!
Posta per sicurezza i valori dell'acqua attuali e la fauna del tuo acquario, i valori sballati potrebbero essere causati anche dal sovraffollamento!