Allora, se le alghe sono state fuori dall'acqua per tanto tempo saranno morte, e non credo ci sia il rischio che risorgano!
Se compariranno nel tuo acquario, la causa non sarà certamente la presenza di alghe morte e incrostazioni sullo sfondo 3d!
Io personalmente le lascerei, oppure coprirei anche loro con il silicone e poi del ghiaino/sabbia, se proprio non ti piace vederle!
Riguardo al silicone non c'è una marca specifica, o meglio, ce ne sono, ma per l'utilizzo che devi farne tu non serve uno super costoso e con una forte tenuta, visto che deve solo incollare un po' di sassolini!
L'importante è che sia non antimuffa!
(ce n'è un tipo, di una marca molto famosa, che dietro riporta la dicitura "adatto per acquari")